После Второго Удара все, что остаётся от Японии, это город Токио-3, подвергаемый постоянным атакам гигантских существ, стремящихся уничтожить человечество, и называемых Ангелами.Синдзи Икари , до этого не видевшийся с отцом восемь лет, получает от него телефонный звонок с требованием немедленно прибыть в штабквартиру NERV, организации противостоящей Ангелам. Для борьбы с Ангелами NERV используют гигантских мехов, называемых Евангелионами.Задачей Синдзи становится пилотирование Евы-01 и работа в команде с пилотом Евы-00 Рей Аянами .