После событий второго фильма, Икари Синдзи (Shinji Ikari) пробуждается спустя 14 лет. Он не понимает, что происходит, но постепенно ему открывается пугающая истина. В результате Синдзи придется снова сражаться с ангелами вместе с неожиданными союзниками, преодолевая сопротивление бывших друзей. И снова судьба бросит его на передовую войны и заставит принимать решение за всё человечество. Что же он выберет в этот раз?
