Первый фильм представляет собой компиляцию всех серий оригинального сериала с новой последовательностью повествования.
Человечество потеряло большую часть суши из-за глобального потепления в первой половине XXI века, после чего в водах всех стран внезапно появляется «Туманный флот», вооруженный супер-оружием. Не имея возможности противостоять этому флоту, человечество было побеждено и больше не могло путешествовать по морям.
Семнадцать лет минуло после той разрушительной морской войны. Гунзо Чихая и его друзья смогли захватить и реквизировать подводную лодку входящую в состав «Туманного флота» и переименовали её в I-401. Вместе с Ионой («ментальной моделью» или физическим воплощением, в форме гуманоида, подводной лодки I-401) они объявляют войну «Туманному флоту».
